Od 2005. godine od kada je uveden sustav za osiguravanje i unapređivanje kvalitete prema zahtjevima norme ISO 9001, Fakultet kontinuirano radi na djelotvornosti unutarnjeg osiguravanja kvalitete kojim bi se podržao razvoj kulture kvalitete. Odgovarajući stupanj djelotvornosti unutarnjeg osiguravanja kvalitete potvrđivan je od strane vanjskih neovisnih certifikacijskih institucija u razdoblju od 2007. do 2018. godine, te potom sukladno Standardima i smjernicama za osiguravanje kvalitete na Europskom prostoru visokog obrazovanja (ESG) vrednovanjem doktorskog studija (2017.) i institucionalnim vrednovanjem od strane AZVO-a (2018.) kojim je sustav unutarnjeg osiguravanja kvalitete ocijenjen zadovoljavajućim, kao i programskim akreditacijama EFMD-a (2019. i 2022.). 

Sustavom kvalitete upravlja Fakultetsko vijeće, dok se pitanjima kvalitete izravno bave menadžer kvalitete, Odbor za unaprjeđenje kvalitete i Povjerenstvo za unutarnju prosudbu.